ヒットマン1〜ヒットマン2にかけての登場人物相関図
外人部隊の出会い
時は1950年。フランス軍外人部隊で国籍も人種も全く異なる５人の男達が運命的な出会いを果たす。オートメイヤー、フックス、パブロ、ジェゴロフ、リーという名であった。彼らはふとしたキッカケから軍の機密事項であるクローン生成実験の存在を知り、自分達でも密かに実験を進めていた。しかししばらくしてから軍の上層部に実験施設がバレてしまい、実験施設は破壊され、５人の男たちも軍からの脱走を余儀なくされてしまう。クローン誕生
研究施設を失った５人だが、クローン実験が中断されたわけではなかった。元医学生であるオートメイヤーを中心として精神病院の地下に実験施設を作り、そこの精神病患者たちを利用して密かに実験は進められていたのだ。そしてついに人間の老化現象を抑制する血清を発見し、クローン実験は成功。この時様々なプロトタイプ（恐らく1〜46）が作られた。コードネーム47
オートメイヤーと他の４人達の間には深刻な意見の食い違いが起こっていた。４人はクローンを量産化し、強力な軍隊を結成しようと目論んでいたのだ。この圧力に耐え切れなくなったオートメイヤーは、地下施設から彼の最高傑作"47"の脱走を画策。さらに世に放った47に対し”組織”を通じて４人の抹殺を依頼したのだ。４人にはオートメイヤーからの死の宣告である手紙が届き、そしてその通り、次々と抹殺されていった。ついに４人全員を抹殺することに成功したオートメイヤーは、完成品"48"のテストと47の廃棄を兼ねて、47を自らの施設におびき寄せる。組織も事態の奇妙さに気がついてはいたが、オートメイヤーの依頼は断りきれなかったのだ。まんまと研究施設までたどり着いてしまった47だが、オートメイヤーの誤算は47が予想以上の能力（恐らく変異か学習による）を持っていたこと。そして自らの親をも殺すほどの冷酷さを持っていたことである。生産された全ての48を片付け、オートメイヤーをも抹殺した47は一人歴史の闇へと消えていった。サイレントアサシン
裏社会の伝説と恐れられた47は忽然と姿を消していた。時が経ち彼の活躍がただの噂話だと話す者すら出てきた頃、ある奇妙な二人組みが47のことを耳にする。その後二人が向かった先は、オートメイヤーの抹殺された精神病院であった。５人の外人部隊の偽装工作のためか、まだ警察の手が入っていなかったのか、47襲撃のまま時が止まった精神病院には数多くの痕跡が残されていた。それを見た二人は、自分達の"計画"のために47を利用することを思いつく。時を同じくして、ある教会に47と神父の姿があった。自らの生き方に疑問を感じた47は、暗殺者時代に稼いだ全財産を寄付し、罪の償いをしていたのだ。しかし運命の歯車が再び回りだし、神父は何者かに誘拐されてしまう。神父の行方を突き止めるためにはかつての組織に依頼をするしかない。そしてそのための莫大な資金は、組織からの依頼を受けることでしか支払えるものではないのだ。小屋の床下に封印していたツインボーラーを手に取り、47は再び闇の世界へと足を踏み入れる。