武器の選択について中盤以降は「G2A2+ショットガン+何か強力な武器一つ」の組み合わせがオススメ。クローン兵が落として頻繁に弾補充できるG2A2を軸に戦いつつ、硬い敵に対してはショットガンを上手く使っていこう。またネイルガンのように強力な武器はそこそこ拾えるので、これを空いているスロットに入れる。ただ終盤になると強力な武器を２つ同時に持つこともあるので、その場合はG2A2を捨てて入手すると良い。
初期装備のピストル。単発式で他の武器に比べるとどうしても火力不足なため、強制的に使わされる場面以外ではほとんど使わない。ピストルを2丁手に入れると2丁拳銃にできるが、それでもイマイチ。
最初に手に入るサブマシンガン。非常に連射性能が高く、ピストルより攻撃力が高いため、序盤の主力となる。また比較的軽めで移動速度がほとんど落ちないのも特徴。ただしその分弾の消耗が激しく、適当に連射しているとあっという間に空になってしまうことも。中盤以降はG2A2の弾も頻繁に手に入るため、入れ替えて使った方が良い。
中盤以降主力となる、RPLより少し大きめのライフル。連射性能、移動速度などの面でRPLより劣るものの、単発の威力はこちらの方が上。弾も大量に手に入るようになるので、主力武器の座はこちらに移ることになる。撃ち方などについてはRPLと大差ない。
オーソドックスなショットガン。散弾銃で、近距離ほど弾が密集しているため攻撃力が高い。逆に遠距離になると弾が散ってしまうため攻撃力が低くなってしまう。近距離ならショットガン、中距離以上ならライフルと使い分けるのが基本である。ちなみに至近距離ならクローン兵を一撃で倒すことができ、さらにあまりの衝撃で血しぶきが飛び四肢が吹き飛ぶ。攻撃力が高い割に弾が沢山落ちているので、弾は余り気味になりやすい。
スナイパーライフルのような、バースト撃ちライフルのような、微妙な存在。スコープを使うと遠くの敵を正確に狙うことができ、一度の攻撃で3発の弾を発射する。攻撃力自体は非常に高く、遠距離にいる敵のヘッドを狙い撃ちすれば一撃で倒すことができる。ただ室内戦が中心なので、スナイパーライフルというよりは攻撃力の高いライフルとして使うのが無難か。
いわゆるネイルガン。これで死んだ敵は撃たれた杭で壁に貼り付けにされる。連射力はサブマシンガンなどに比べて劣るものの単発の威力はG2A2以上で、耐久力の低い敵に不意打ちを食らわせると一撃で倒せることもあるほど。総合的に見れば精度も高く優秀な武器なので、拾ったら積極的に使っていこう。重装備兵がよく落とす。
キャノン砲。Walkthroughではロケットランチャーと書いておいた。終盤に手に入る武器の一つで、単発式ながら非常に威力は高く、着弾も速い。遠距離にいる敵を攻撃するときにも便利な武器である。強力な武器なので拾ったら使おう。
こちらは三発の弾をほぼ同時に発射するタイプのロケットランチャーで、単発式に切り替えることはできない。威力は非常に高く使いやすいが、その威力が十分に発揮される場面は少ないのが正直なところ。手に入る弾数が極めて少なく、温存しておくと他の弾が手に入らなくなるので、使い捨て気分でガンガン撃ってしまうのが良いと思われる。
「マーズアタック」で火星人が乱射していたような、恐怖の未来兵器。これを使うと通常のクローン兵なら一撃で葬ることが出来る上、着弾も一瞬。狙いも完璧。さらにこれを受けて死んだ人間は、瞬間的に肉が蒸発して骸骨姿になってしまうという優れもの(?)だ。ズームするとかなり遠くまで狙うことができるため、スナイパーライフルとしても機能する。発見したら必ず拾って使うこと。唯一の欠点は単発式で正確な狙いが必要なことだが、これはスローモーを使えば解決する。